지난 포스팅에서 말한대로, 이번에는 DNA 전기영동 실험을 하면서 필요한 시약들에 대하여 알아보겠습니다.

1. 전기영동 buffer(완충용액)

- 전기장에서 DNA가 그냥 이동할리 없겠죠? DNA가 타고 이동할 매개체가 필요하겠고 그 매개체가 DNA의 상태를 유지시켜줘야 하는 pH 및 조건을 갖추어야 할거에요. 그 매개체를 우리는 Buffer(완충용액) 이라고 부릅니다.

완충용액의 이온 강도가 너무 낮게되면 DNA 이동이 느리고, 강도가 너무 높다면 열이 발생하게 되어 심한 경우에 Gel이 녹거나 DNA 구조가 변형될 수 있습니다.

주로 많이 사용하는 버퍼로는 Tris-acetate(TAE)와 Tris-borate(TBE)가 있습니다.

2. DNA staining dye

- 전기영동 실험 후 관찰은 암전된 상태에서 야광처럼 빛이 나게 하는 상태에서 DNA 움직임을 관찰합니다. 이 때 사요되는 염색약이 바로 DNA staining dye에요.

그 중 EtBr은 실험실에서 많이 사용되는 대표적인 staining dye로써, 브로민화 에티듐(Ethidium bromide) 또는 브로모에탄(bromoethane)의 약어(abbreviation)로 쓰인다.

* EtBr : 얇은 판 모양의 고리화합물로, DNA 나선의 염기 사이에 들어가 결합하므로 강력한 발암물질이자 돌연변이원(mutagen)으로 알려져 있으며, UV에 노출되면 결합한 DNA를 통해 가시광선으로 변화시켜 발광된 band를 확인 할 수 있다. 또한, EtBr은 DNA의 이동속도를 10~15% 감소시키며, 취급 시 반드시 glove 및 mask를 착용해야 하고 사용 후에는 정화시켜 폐기하여야 한다.

제가 이전에 실험을 했을 때는 발암물질이라고 조심해서 다뤄야 한다고 들은 적도 있으므로 참고하여 주세요!

3. DNA loading dye

DNA loading dye의 조성은 아래와 같아요.

-  Bromophenol Blue(BPB) 0.25%

-  Xylene cyanol FF 0.25%

-  Glycerol 30%

Bromophenol Blue(BPB), Xylene cyanol FF는 (-) charge를 띄기 때문에 DNA와 같이 이동하므로 전기영동 진행 상태를 UV를 비추기 전에 추측할 수 있게 해줍니다. BPB는 1% agarose gel에서 약 500bp의 DNA와 비슷한 속도로 이동하며, Xylene cyanol의 경우 4kb의 DNA와 비슷한 속도로 이동하게 해주죠.

Glycerol은 고분자 물질로, DNA를 well에 loading할 때 DNA가 buffer에 뜨지 않고 가라않도록 해주는 역할을 해요!

오늘도 읽어주셔서 감사합니다~!